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L’Institut Micalis est une unité mixte de recherche (UMR) associant INRAE, AgroParisTech et l’Université Paris-Saclay. 

Sa mission est le développement de recherches novatrices dans le champ de la « Microbiologie de l’Alimentation au service de la Santé ».

L’Institut Micalis rassemble plus de 370 personnes dont 130 chercheurs, ingénieurs et enseignants-chercheurs, 70 agents d'appui scientifique ou administratif et plus de 140 doctorants, post-doctorants et étudiants stagiaires, formant 23 équipes de recherche organisées en 3 pôles thématiques, et abrite 2 plateformes technologiques et une animalerie axénique. Par ailleurs, l'Institut Micalis est étroitement associé au  démonstrateur pré-industriel MetaGenoPolis.

Aux trois pôles thématiques correspondent trois domaines privilégiés de recherche étroitement reliés:

• l’émergence et le contrôle des microorganismes pathogènes opportunistes d’origine alimentaire et l'adaptation des bactéries à leurs environnements
• les écosystèmes microbiens alimentaire et intestinal et les interactions fonctionnelles aliment-microbiote-hôte;
• la biologie systémique et synthétique microbienne.

L’Institut Micalis a été créé le 1er janvier 2010 par la fusion des huit unités franciliennes de l’INRA et d’AgroParisTech qui se consacraient à la microbiologie de l’alimentation.

Un projet immobilier financé dans le cadre du Contrat de Plan Etat-Région Ile-de-France inauguré en septembre 2014 a permis le regroupement de l’ensemble des équipes et structures Micalis sur le site du Domaine de Vilvert du Centre INRAE de recherche de Jouy-en-Josas.

L’institut Micalis est rattaché aux départements Mica (Microbiologie et Chaîne Alimentaire) et AlimH (Alimentation Humaine) d'INRAE, aux départements SVS (Sciences de la Vie et de la Santé) et SPAB (Sciences et Procédés des Aliments et Bioproduits) d’AgroParisTech et au département SDV (Sciences de la Vie) de l’UPSaclay.

Il est actuellement dirigé par Philippe Noirot, entouré de cinq directeurs adjoints :

Romain Briandet, Rut Carballido-López, Philippe Langella, Vincent Juillard et Catherine Gautier.

contact :  jj-micalis-accueil@inrae.fr