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AJ / Aymerich & Jules

Steph

Aymerich and Jules Lab.

Responsables : Stéphane Aymerich et Matthieu Jules

MaPhoto

L'Equipe regroupe plusieurs activités de recherche distinctes dont l’une est aujourd’hui portée par un groupe autonome ; néanmoins l'ensemble de l'équipe partage:

  • une thématique générale : la compréhension du fonctionnement intégré des bactéries à Gram-positif en s’appuyant sur l’espèce modèle Bacillus subtilis;
  • la mise en œuvre d’approches interdisciplinaires grace à des collaborations avec des équipes spécialisées dans la modélisation mathématique, les bio-statistiques, la bioinformatique ou encore la biophysique;
  • le développement de nouvelles méthodologies et la mise en commun des ressources biologiques et des données.

Ces activités de recherche recouvrent deux identités scientifiques distinctes:

Systems Biology for bacterial Engineering and Redesign - Groupe SyBER dirigé par le Dr. Matthieu Jules

Le groupe SyBER a comme objectif de comprendre le fonctionnement des processus cellulaires fondamentaux (réplication, transcription et traduction), de la cellule unique à la population, à travers des approches expérimentales systémiques et quantitatives couplées à des approches de modélisation mathématique puis d'exploiter ces résultats et cette connaissance par des approches d'ingénierie (génomique, métabolique, etc.) afin de:

  • modifier rationnellement B. subtilis, et à terme E. coli, pour créer des usines cellulaires performantes (de production de protéines et de métabolites d'intérêt).
  • concevoir des systèmes biologiques synthétiques possédant des fonctions non existantes dans la nature (activité métabolique, biosenseurs, etc.).

Adaptation bactérienne au changements de conditions environnementales

Les compétences en génétique de Bacillacées sont également déployées dans le cadre:

  • de la compréhension du fonctionnement intégré de la cellule bactérienne en s’attachant à élucider les principes et les mécanismes mis en œuvre lors de l’adaptation du métabolisme de B. subtilis aux variations des conditions environnementales.
  • de la compréhension des mécanismes moléculaires et des interactions régissant le fonctionnement des biofilms mono et pluri-espèces comprenant notamment B. subtilis ou le pathogène opportuniste Bacillus cereus.