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Diversité génomique et fonctionnelle des levures

Cécile Neuvéglise

DivY

 Diversité génomique et fonctionnelle des levures

Responsable :  Cécile Neuvéglise

Projets de recherches / Thématique

Génomique fonctionnelle et évolutive

DivY possède une longue expérience en génomique, acquise depuis plus de 20 ans grâce à son implication dans divers projets nationaux et internationaux (membre actif du consortium iGenolevures). Nous développons des approches de génomique et transcriptomique comparées aussi bien à l'échelle intraspécifique qu’interspécifique. Nous procédons notamment à l’analyse fonctionnelle et évolutive des clades Lachancea et Yarrowia ainsi qu’à celle d’autres levures oléagineuses identifiées comme plus performantes en termes d’accumulation de lipides. Plusieurs de ces espèces sont en cours de séquençage et d’annotation au laboratoire. Ces approches utilisant les dernières technologies de séquençage à très haut débit permettront de rechercher les déterminants des différences de comportement physiologique observées, d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans le métabolisme lipidique et d’en décrypter les réseaux de régulations. Les connaissances fondamentales acquises sur ces différentes levures oléagineuses permettront leur exploitation par ingénierie métabolique. La masse de données génomiques et transcriptomiques générée permet également d’analyser de manière approfondie les phénomènes d’épissage alternatif, de leur impact sur l’expression des gènes et de leur rôle fonctionnel dans la régulation du métabolisme lipidique. Les données de génomique sont disponibles sur le site GRYC développé en interne dans le cadre du consortium iGenolevures.

Étude et réorientation du métabolisme lipidique

La compréhension du métabolisme lipidique des microorganismes nécessite une bonne connaissance fondamentale afin d’identifier les gènes, les voies de régulation, les voies de transport des substrats et la spécificité des enzymes. Nous avons engagé une analyse systémique du métabolisme des lipides chez la levure Blastobotrys (Arxula) adeninivorans. Du fait des ses capacités de croissance sur de nombreuses sources de carbone et d'azote, de sa sécrétion d'enzymes variées, et sa thermotolérance et osmotolérance, cette levure est utilisée pour différentes applications en biotechnologie. Notre objectif est maintenant de promouvoir B. adeninivorans comme nouveau modèle de levure oléagineuse. Notre étude est centrée sur les mécanismes impliqués dans la synthèse, l’assimilation, le stockage et la mobilisation des lipides, en combinant divers approches de génomique, génomique fonctionnelle et évolutive, transcriptomique, génétique, et lipidomique.

Diversité des levures dans l'environnement

Nous nous intéressons à la diversité des levures dans différents environnements tels que les moûts de raisin (projet PeakYeast), les fromages, ou encore les insectes. Ces levures ont-elles des traits phénotypiques particuliers, des signatures génétiques d’adaptation à ces milieux ? Quel est l'impact du transfert de matériel génétique entre organismes ?

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