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Micalis

Projets en cours

-Nutriperso : Tailoring food and dietary recommendations to prevent chronic diseases: health, social and economic issue 

Financement Lidex Paris Saclay 2017-2020

Partenaires : INRA UR 1303 Aliss, INRA UR Micalis, INSERM CESP, UMR INRA‐APT PNCA, UMR INRA‐APT GMPA, UMR INRA‐APT Genial,  CEA‐List , CNRS‐INRIA‐LRI‐Université Paris‐Sud Research group TAO, UMR CNRS I3 et Telecom ParisTech SHS. 

Coordinateur : L.G. Soler (INRA)

 

-Modelling gut microbiota

Financement : INRA MEM 

The gut microbial community is a highly complex ecosystem, harboring a high taxonomic diversity. The gut microbiota plays an important role in the health and well-being of its host. Our aim is to develop mathematical, data analysis and modelling approaches to help integrate knowledge and data. We work on knowledge based dynamic models but also design new models, hypothesis driven, to analyze metagenomic datasets. Our team and Béatrice Laroche (MAIAGE) have been collaborating since 2007 and we co-supervise Sébastien Raguideau's PhD.  

-CorioFunc "Fonctions et adaptation métabolique des Coriobacteriaceae, une famille microbienne dominante de l’intestin, dans le contexte du métabolisme des lipides"

Partenaires: T. Clavel (TUM, Freising, Co-PI), S. Rohn (Institute of Food Chemistry, University Hamburg), P. Gérard (INRA-MICALIS)

Financement : ANR Blanc International 2014

http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-13-ISV3-0008

 

L’objectif principal du projet CorioFunc est d’étudier l’impact de la conversion bactérienne des composés dérivés du cholestérol sur le métabolisme lipidique de l’hôte et le développement de la stéatose hépatique non alcoolique par les bactéries de la famille des Coriobacteriaceae.

De récents travaux sur modèles expérimentaux ont permis de montrer que la prévalence des séquences d’ADNr 16S assignées à la famille des Coriobacteriaceae est fonction du génotype de l’hôte et positivement corrélée aux taux de triglycérides hépatiques ainsi qu’aux niveaux plasmatiques de cholestérol non-HDL. Bien qu’encore peu étudié, le métabolisme des acides biliaires par les microorganismes intestinaux est considéré comme un facteur influençant fortement le métabolisme lipidique de l’hôte. Nous avons récemment démontré, à l’aide d’expériences de transfert de microbiote dans un modèle murin, le rôle clef joué par le microbiote intestinal dans le développement de pathologies hépatiques (stéatose hépatique non alcoolique). Cependant, les mécanismes moléculaires associés à cet effet sont encore peu décrits. De plus, le métabolisme des corticostéroïdes endogènes par les bactéries intestinales reste lui aussi mal connu.

La combinaison d’expertises spécifiques aux équipes Françaises et Allemandes impliquées dans le projet CorioFunc nous permettra de caractériser l’importance écologique et patho-physiologique des Coriobacteriaceae au sein de l’écosystème intestinal et plus globalement à l’échelle systémique.

-NeoMAIT : MAIT cells and microbiota colonization in preterms

Financement ANR PRTS 2014 http://www.agence-nationale-recherche.fr/?Project=ANR-14-CE15-0005
Given the potential importance of MAIT cells in protection from microbial infections at epithelial surfaces, we investigate the maturation dynamics of MAIT cells in relation with gut microbiota diversity and function during the neonatal period. Our study combine multiparametric phenotypic and functional characterization of MAIT cells with microbiota analysis (high throughput sequencing, metagenomics, Rib microbiology) to determine how the presence or functionality of MAIT cells is influenced by the gut microbiota, and vice versa. Partenaires 
 

-Lidex ALias

Partenaires INRA PNCA (D. Tomé), GMPA (I. Souchon), GENIAL (C. Michon)

-Epiflore "Ecosystème intestinal du grand et très grand prématuré: analyse du microbiote, implications cliniques à court et long terme"

Partenaires: MJ Butel (Univ Paris V, Coord.), PY Ancel (INSERM U953)

Funding: ANR Blanc 2013

http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-12-BSV3-0025

 

Le projet EPIFLORE a pour but de faire une analyse à large échelle de l’établissement du microbiote chez le grand prématuré. Ce projet profite de l’opportunité de 2 cohortes françaises qui ont débuté en 2011 : (1) EPIPAGE 2 qui a inclus tous les prématurés nés en France et (2) ELFE qui a inclut tous les nouveau-nés à terme et les prématurés d’âge gestationnel élevé. Tous les enfants inclus seront suivis jusqu'à 12 ans. Le projet EPIFLORE a 3 objectifs: (1) étudier à grande échelle le microbiote intestinal spécifique de nouveau-nés grands prématurés avec une approche multicentrique prenant en compte la variabilité interindividuelle et la variabilité liée au centre, (2) de relier la grande prématurité au développement de pathologies à court et plus long terme et (3) de rechercher des relations entre le profil du microbiote et le développement de sepsis ou d’ECUN. Six cent soixante enfants provenant de 19 centres de soins intensifs de niveau III et appartenant à la cohorte EPIPAGE 2 ont été inclus. La comparaison des enfants appartenant à ces 2 cohortes permettra de déterminer le risque pour un grand prématuré de développer des pathologies à court et long terme.

 

ClosNEC "Clostridium et physiopathologie de l’entérocolite ulcéronécrosante du nouveau-né : approches clinique et moléculaire"

Partenaires: J. Aires (Univ Paris V, Coord.), JC. Rozé (CHU de Nantes), S. Rabot (INRA-ANAXEM-Micalis)

Funding: ANR PRTS 2013

http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-13-PRTS-0018

 

L’entérocolite ulcéronécrosante (ECUN) est une pathologie digestive touchant les prématurés avec une morbi-mortalité élevée. Si sa physiopathologie reste mal connue, la colonisation intestinale bactérienne du prématuré est un facteur de risque. L’implication bactérienne dans l’ECUN repose sur la fermentation du lactose non digéré dans l’intestin grêle par les bactéries coliques conduisant à une hyper-production de métabolites impliqués dans la genèse des lésions. Les signes cliniques de l’ECUN sont cohérents avec une étiologie clostridienne. Ces bactéries, fréquement isolées à partir d’échantillons provenant de cas d’ECUN, provoquent en modèle animal de l'ECUN des lésions digestives reliées à l’hyperproduction d’acide butyrique, produit de fermentation du lactose.

Notre objectif est de démontrer l’implication biologique des clostridies dans l’étiologie de l’ECUN en comparant le microbiote des prématurés ayant ou non developpé une ECUN et de rechercher des biomarqueurs de pathogénicité. Ce projet apportera de nouvelles données cliniques et mécanistiques dans le but d’améliorer la prise en charge et la prévention de cette madalie digestive dramatique du grand prématuré.