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Dynamique des génomes de bactériophages

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DYNAMIQUE DES GENOMES DE BACTERIOPHAGES

Responsable d'équipe: Marie-Agnes Petit

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PROJETS DE RECHERCHE

L’équipe centre ses recherches sur les bactériophages tempérés. Elle s’intéresse en particulier à l’étonnante plasticité de leurs génomes, aux forces qui déterminent leur évolution, et aux paramètres qui influencent leur propagation dans leurs écosystèmes naturels, en particulier le tube digestif des mammifères. Pour cela, l’équipe combine des approches bio-informatique, moléculaire, ainsi que d’écologie microbienne. Les questions posées sont du type :

  • Quel est le rôle des recombinases phagiques dans la structure des génomes de phages tempérés (Martinsohn et al., 2008, Lopes et al., 2010)?
  • Quels facteurs contrôlent la propagation des phages tempérés infectant Escherichia coli dans le tube digestif, et à quellle fréquence font-ils du transfert horizontal de gènes bactériens ?
  • La co-évolution des phages lambdoides d’E. coli et des récepteurs bactériens à la surface de leur hôte : est-ce aussi simple que prédit par la théorie de la reine rouge ?
  • Est-il possible de prédire la fonction de la grande multitude de gènes phagiques, en utilisant les méthodes les plus pointues pour la détection d’homologie lointaine (Lopes et al., 2010)?

équipe

photo de l'équipe

FINANCEMENTS

· Jeune Equipe INRA (2010-2012)
· Fondation pour la Recherche Médicale (2010-2012)
· ANR Dynamophage (2011-2014)
· DIM Malinf (equipement, 2012)

Voir aussi

  • The web site Phagonaute, dedicated to the annotation of phage genomes by far distance homology detection
  • The web site for the MOSAIC database, dedicated to intra-species whole genome alignments and analysis
  • The MUMI web site for Mumi distance calculation between two genomes belonging to the same, or very related species.
  • The VIRFAM web site of our collaborator Raphaël Guerois for predicting phage-encoded recombinase function.