Biodiversité génomique et phénotypique de la bactérie de la viande Lactobacillus sakei
Résumé Lactobacillus sakei est la bactérie représentative de la flore microbienne des produits carnés : elle est systématiquement trouvée sur la viande fraîche et représente la flore majoritaire de la viande conservée sous vide où elle joue un rôle antagoniste contre le développement de bactéries pathogènes ou d’altération. Elle est utilisée comme ferment, en association avec d’autres espèces, pour la fermentation des saucissons secs.
Le génome d’une souche de L. sakei a été séquencé par l’unité Flore Lactique et Environnement Carné et des séquences additionnelles d’une dizaine de souches sont en cours d’acquisition dans un projet en collaboration avec le CNS. Cette avancée place l’INRA en position de leader sur la connaissance des bactéries du milieu carné. Résultats L’analyse du génome d’une souche issue de saucisson et de la diversité génomique d’une collection d’environ 150 souches d’origines géographique et écologique variées a permis de mettre en évidence les grandes catégories fonctionnelles qui rendent l’espèce compétitive sur la viande et ainsi de connaître les critères à privilégier pour sélectionner les souches les plus compétitives. Parmi les grandes fonctions essentielles à cette compétitivité, et également représentatives de la diversité de l’espèce, nous avons en particulier retenu la capacité de L. sakei à résister aux variations du redox et au stress oxydant fréquemment rencontré lors des procédés de transformation de la viande. Par ailleurs dans le cadre d’un projet ANR (Génoferment), d’un projet européen (Prosafebeef), et du projet propre de l’unité des méthodes ont été mises au point qui permettent d’accéder à la physiologie de cette bactérie et ses interactions avec d’autres microorganismes lors de son développement dans les produits carnés (extraction d’ADN et d’ARN bactérien à partir de viandes ensemencées, quantification individuelle de souches par PCR à partir de matrice viande modèle, analyse protéomique après croissance sur viande). Pour l’instant les espèces cibles testées sont les pathogènes Escherichia coli O157:H7, Salmonella enteriditis et la bactérie d’altération Brochotrix thermosphacta sur un modèle viande hachée. Les interactions dans le saucisson avec le ferment Staphylococcus xylosus sont en cours d’étude. La protéomique est réalisée sur un modèle carpaccio.
Perspectives Ces résultats et ces méthodes vont nous permettre de tester l’efficacité de combinaisons de souches pour améliorer la qualité sanitaire de la viande puis de proposer les cocktails les plus performants et procurer des outils de sélection. Partenaires De nouveaux partenariats académiques en Europe, Argentine, et Nouvelle-Zélande ont été mis en place suite à la publication du génome de L. sakei 23K. Des partenariats solides avec les centres techniques de la viande (IFIP à Maison-Alfort et ADIV à Clermont-Ferrand) commencent à porter leurs fruits. Nous espérons que les industriels de la filière viande Français vont bientôt investir également. Valorisation Un brevet a été déposé sur notre méthode d’identification, classification et quantification de souches de L. sakei.
M. Zagorec, Unité FLEC, INRA-CRJ, Domaine de Vilvert, 78350 Jouy-en-Josas
Rédaction :
Micalis
Date de création : 02 Avril 2011 Mise à jour : 23 Juin 2011 |