Contexte

Le corps humain héberge sur la peau et au niveau de toutes les muqueuses des communautés microbiennes, dynamiques et complexes, qui ont une profonde influence en terme de physiologie, nutrition, immunité et développement. L’équilibre de cette symbiose contribue au maintien de la santé. Dix fois plus nombreux que nos propres cellules, ces microorganismes comprennent vraisemblablement 100 fois plus de gènes que n’en contient le génome humain. Cependant, contrairement à ce dernier, l’ensemble des génomes de ces communautés ou métagénome humain, est largement inconnu.

Résultats 

Au cours d'une table ronde internationale organisée par l'INRA en octobre 2005, un projet intitulé Initiative Métagénome Intestinal Humain a été proposé. Il a pour objectif de constituer un "set de référence", correspondant au répertoire génétique des micro-organismes intestinaux, une étape-clé du projet Métagénome Humain. Pour ceci, la séquence du génome complet de microorganismes cultivables sera déterminée et les techniques permettant le séquençage des génomes des microorganismes non encore cultivés seront développées. Les gènes de la communauté microbienne seront inventoriés par séquençage métagénomique.

Cette initiative a été scellée par les "Recommandations de Paris" (2006).

Pour atteindre ces objectifs, un large Consortium International se met en place (réunion de Rockvile, USA en décembre 2007). L’objectif est de standardiser les procédures et le contrôle de la qualité des données, de coordonner les analyses, d'assurer la circulation des données et des ressources à travers la communauté scientifique et de maintenir à jour le set de référence, le répertoire génétique des microorganismes intestinaux. La division du travail, les synergies, les économies d'échelle au sein d'un effort international diminueront le coût de l'initiative et augmenteront la vitesse de la découverte. Un rôle particulièrement important du Consortium sera de promouvoir le financement de l'Initiative Métagénome intestinal humain à une échelle internationale.

Deux projets ont été proposés et acceptés fin 2007 pour contribuer à l’Initiative Métagénome Intestinal Humain : le projet Européen MetaHIT, coordonné par S. Dusko Ehrlich UR895 Génétique microbienne et le projet ANR MICRO-Obes en collaboration avec la Chine, coordonné par Joël Doré UR910 Écologie et physiologie du système digestif, Centre de Recherche Inra de Jouy en Josas. Ils associent pour l’INRA les départements MICA et Alim.H.

Perspectives

Les attendus de ce projet sont innombrables et hautement significatifs, allant de la caractérisation de l’écosystème (diversité des microorganismes, flux génétiques et réseaux métaboliques) à l’identification de signatures métagénomiques de santé ou des pathologies chroniques, puis à l'innovation et au développement de nouveaux produits par l'industrie pharmaceutique ou agro-alimentaire. Enfin, la génomique fonctionnelle des communautés microbiennes permettra de caractériser les signaux moléculaires et les mécanismes du dialogue entre les microorganismes et leur hôte.

Contacts

Joël Doré UR910 Écologie et physiologie du système digestif, S. Dusko Ehrlich UR895 Génétique microbienne, Centre de Recherche INRA de Jouy en Josas