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Bac / Renault
Bac / Renault
PROJECT DE RECHERCHE / THEMATIQUEEtablir de nouvelles bases dans l'étude des écosystèmes microbiens alimentaires et digestifs, en lien avec la santé humaine.
Récemment, les techniques de séquençage ont considérablement évoluées, en particulier avec l'apparition des séquenceurs à très haut-débit. Nous avons développé une activité de recherche exploitant ces possibilités, pour mieux caractériser les écosystèmes, et en déduire leurs fonctions. Diverses données sont disponibles à ce jour, et notre équipe exploite par des méthodes de bioinformatique des données de métagénomique correspondant à des profils d'écosystèmes microbiens ou de populations complexes de bactéries alimentaires et commensales de l'homme. Ces données proviennent de projets sur le microbiote intestinal (programme MetaHit et Micro-Obes portant sur l'implication de la flore intestinale dans des maladies telles que les syndrome métabolique lié à l'obésité et les maladies inflammatoire intestinale), les aliments fermentés (programme Food-Microbiomes visant à caractériser des écosystèmes alimentaire complexe tels que les fromage traditionnels). Nous caractérisons différents éléments des écosystèmes (espèces, gènes, variants alléliques) et recherchons des associations entre leur présence et des fonctions de l'écosystème. Au niveau du microbiote intestinal humain, nous étudions comme modèle avant d'aborder des études plus vastes, les streptocoques commensaux que nous avons montrés omniprésent dans le tractus digestif.  Etude des streptocoques commensaux, leur interaction bénéfique avec l'homme. Streptococcus salivarius est une bactérie commensale de l’homme, qui domine la flore buccale, et colonise l'intestin de l'ileon au colon, représentant parfois environ 1% des bactéries de notre flore intestinale. Sa présence dans la bouche est indispensable à son équilibre microbiologique et des études ont montrés un lien entre une baisse de sa population et différentes pathologies. Le rôle de cette bactérie n'est pas encore connu dans l'intestin. Dans le domaine paramédical, des souches de S. salivarius productrices de bactériocines sont utilisées pour réduire les risques d’angine, ou bien réensemencer la bouche en cas d’halitose. Des études préliminaires suggèrent que S. salivarius puisse être impliquée dans l’éducation du système immunitaire de l’enfant. Son utilisation comme « probiotique » est en cours de développement par différentes entreprises. En conséquence, S. salivarius est une bactérie commensale jouant un rôle important dans la santé humaine et il est probable que ce rôle s’exerce à travers différents types d’interaction avec l’homme. Cette bactérie, facilement manipulable au laboratoire, constitue un bon modèle pour mieux comprendre les interactions entre les bactéries commensales et l'hôte. Enfin, le développement de connaissances sur cette bactérie pourra éventuellement mener à des applications, puisqu’elle peut facilement être administrée en gélules ou incorporée dans des préparations alimentaires.
Le centre de notre projet a donc visé à développer des connaissances génériques sur S. salivarius et des études fonctionnelles sur des gènes impliqués dans les interactions entre cette bactérie et l’homme. Les génomes de plusieurs souches de différents phénotypes sont utilisés en génomique comparative et caractériser des facteurs ayant trait à l'interaction avec l'hôte. Les protéines de surfaces ont été caractérisées par la technique du shaving. Des mutants ont été construits pour les principales protéines de surface. Les souches ainsi obtenues sont étudiées dans différent modèles animaux pour en déterminer les phénotypes associés. Des études de biologie cellulaire ont permis de montrer que S. salivarius secrète une molécule ayant des propriétés anti-inflammatoires. Enfin, les propriété antiinflammatoire de S.salivarius protège les souris lors de colite aigue.
Nos études visent globalement à mieux comprendre ces processus d'interaction bactéries commensales-homme et à terme utiliser ces connaissances pour maintenir l'équilibre des flores buccale et intestinale qui conditionne notre santé.
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