L’environnement détermine l’équilibre entre les organismes qui l’habitent. Les conditions environnementales précises entraînent des compétitions ou des synergies entre organismes et favorisent in fine la dominance d’une ou plusieurs espèces. Un changement de l’environnement peut provoquer un déplacement profond de l’équilibre entre populations.

Dans le cas des microorganismes, des changements environnementaux peuvent provoquer une re-programmation radicale. Ainsi, un microorganisme « inoffensif » dans un environnement peut devenir « pathogène », producteur de molécules toxiques en condition de contrainte ou de stress.

Dans le cas d’un microorganisme présent chez l’homme ou l’animal, la situation est plus complexe encore : d’une part, le microorganisme module son expression pour s’adapter à son hôte ; d’autre part, il peut reprogrammer l’expression de son hôte pour neutraliser les défenses de l’hôte et développer la colonisation et/ou l’infection.

En réponse au microorganisme, l’hôte module sa propre expression et peut à son tour moduler celle du microorganisme.

Différents mécanismes de transfert « horizontal » de matériel génétique peuvent en outre permettre à un microorganisme d’acquérir des fonctions favorisant son adaptation à un environnement donné ou plus généralement son adaptabilité, et éventuellement des facteurs de virulence ou de pathogénie.

Les travaux du pôle « Adaptation Bactérienne et Pathgénèse » portent sur les mécanismes moléculaires mis en œuvre lors de ces réponses adaptatives et de ces processus pathogéniques ainsi que sur les dynamiques génomiques des bactéries et levures opportunistes d’origine alimentaire pouvant avoir un impact sur la santé de l’Homme.

Ces travaux ont pour objectifs le développement d’outils d’identification des dangers, de stratégies de prévention et de lutte contre les microorganismes pathogènes d’origine alimentaire.
Le pôle « ABP » regroupe 10 équipes de recherche dont les travaux s’organisent autour de trois thèmes principaux :

• Sécurité microbiologique des aliments
• Interactions hôte-pathogènes
• Mécanismes adaptatifs

Le responsable du pôle "Adaptation Bactérienne et Pathogénèse" est Romain Briandet.