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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Micalis

Bredel Maxime

Bredel Maxime
Assistant ingénieur (Mai 2017 - Mars 2019)

Je suis diplômé d'un Master en Microbiologie-Immunologie à l'Université de Bordeaux. Une première expérience en tant que stagiaire puis assistant ingénieur au sein du Centre National de Référence des infections humaines à Chlamydiae (actuel CNR IST du Pr Bébéar, Bordeaux) me permet d'étoffer mon panel de compétences techniques en biologie moléculaire et cellulaire. J'ai pu appliquer ces compétences dans le cadre du typage de souches bactériennes, ou encore de travaux portant sur la résistance aux antibiotiques chez C. trachomatis.

Je rejoins l'équipe PhylHom en mai 2017 et prends part à des projets sur la composition du microbiote intestinal en lien avec la maladie de Crohn et l'entérocolite ulcéro-nécrosante du nouveau-né. Mes activités au sein de l'équipe couvrent un spectre de compétences techniques et transverses allant du traitement des échantillons à la gestion des consommables et déchets biologiques et chimiques, ainsi que les commandes de matériel. J'ai également participé à la formation d'une stagiaire (niveau master) sur diverses techniques de biologie moléculaire.

Du côté technique, je suis impliqué dans la chaîne de traitement des échantillons depuis la préparation en laboratoire P2, puis l'extraction des acides nucléiques contenus dans les fèces, via un protocole hybride (lyse tirée de la technique dite Godon + kit commercial) et le dosage de l'ADN par Nanodrop. J'assure ensuite l'amplification par PCR des régions V3-V4 de l'ARNr 16S, ainsi que par qPCR sur un appareil QuantStudio 3. Enfin, je prépare les échantillons en vue de leur envoi vers une plateforme de séquençage (technologie Illumina MiSeq). Le tout en assurant une bonne traçabilité pour chaque étape du traitement de l'échantillon, de sa réception à son stockage à -80°C.

Je suis actuellement impliqué dans un projet de génotypage sur fèces humains, et travaille à la mise au point dans ce but d’un protocole de qPCR.