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Etudiant en Master 2 de l'Université Paris-Saclay, j’effectue un stage de 6 mois dans l’équipe PhylHom de l’Institut Micalis de l’INRA de Jouy-en-Josas sous la direction de Marion Leclerc. Ce stage s’intègre dans le projet MetaScreen, du métaprogramme MEM de l’INRA, qui vise à découvrir de nouvelles enzymes issues d’écosystèmes microbiens naturels tels que ceux du sol, du rumen, de l’intestin humain ou du tube digestif d'insectes xylophages.

Ma tâche chez PhylHom consiste à analyser des fonctions du microbiote intestinal humain par des approches métagénomiques : je participe à l’analyse de 12 clones métagénomiques issus du microbiote humain qui montrent un phénotype d’adhésion au mucus intestinal, par :

- Mutagénèse par transposition aléatoire des clones fosmidiques, criblage et mise en évidence des gènes impliqués dans l’adhésion aux mucines

- Analyse des séquences, à la caractérisation taxonomique des espèces du microbiote codant pour ces gènes

- Mise en culture des souches taxonomiquement proches des clones pour déterminer si les souches expriment ces fonctions mises en évidence dans E. coli. 

Ayant obtenu un financement de l'Université Paris-Saclay, je poursuis ce travail pendant un mois dans le Laboratoire du Pr Mark Morrison, collaborateur de l'équipe PhylHom, au Diamantina Research Institute (Brisbane, Australie).  

Mon intérêt pour le microbiote intestinal provient d’un projet bibliographique effectué en licence, sur l’article « Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers » de Le Chatelier and al. (2013) à propos du lien entre microbiote intestinal et obésité. Depuis je cherche à approfondir mes connaissances dans ce domaine et effectuer ce stage dans l’équipe PhylHom est une grande opportunité. Je tiens à remercier toute l’équipe pour son accueil et sa sympathie.