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Les recherches de l’équipe PhylHom visent la compréhension des fonctions de l’écosystème digestif microbien humain et leurs conséquences physio-pathologiques. L’approche est intégrée et inclut la microbiologie anaérobie, l’écologie microbienne, les outils « omiques » et la modélisation mathématique. 

De la culture anaérobie et la physiologie bactérienne aux approches moléculaires, je me suis intéressée depuis mon doctorat aux fonctions des microorganismes impliqués dans des métabolismes anaérobies. En 1995, j’ai eu la chance de suivre le cours d’Ecologie Microbienne à Woods Hole, dont le programme intense de cours et d’expérimentations sur le terrain m’a séduite et a confirmé mon envie de m’intéresser à l’écologie microbienne. Découlant des travaux de Carl Woese, les analyses phylogénétiques basées sur la séquence du gène codant pour ADNr 16S commençaient à y être appliquées et j’ai été témoin de confrontations méthodologiques fortes entre les deux directeurs, A. Salyers, pionnière de la génétique chez Bacteroides et E. Leadbetter pour la culture. Au-delà de cette anecdote, il m’est apparu très tôt que les différentes approches et techniques pour étudier les fonctions bactériennes n’étaient scientifiquement pas à opposer mais à maîtriser, car bien complémentaires. Ayant été recrutée après ma thèse, en 1997, j’ai pu choisir les mobilités en France et à l’international qui m’ont permis de garder ce fil conducteur pour construire mon développement de carrière. 

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