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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Micalis

Aurélien BARBOTIN

Aurélien BARBOTIN
Post-doc
  • Aurélien BARBOTIN
  • Position : Post-doc
  • Au Labo Depuis: 15/03/2021
  • Email : aurelien.barbotin[at]inrae.fr
  • Tél : 01 34 65 25 34

Description du Projet:

Mon objectif principal est de mesurer la dynamique des lipides dans la membrane plasmique de B. subtilis. La dynamique des lipides a été jusqu’à présent essentiellement étudiée dans les membranes eucaryotes, dans lesquelles des techniques de spectroscopie rapide comme la spectroscopie de corrélation de fluorescence (FCS) ont révélé que la diffusion des lipides dans les membranes est très hétérogène. Cela a notamment révélé que certaines espèces lipidiques s'assemblaient et se désassemblaient de manière transitoire, ce qui affecte des processus essentiels comme la signalisation cellulaire. En comparaison, moins d'études de ce type ont été réalisées chez les procaryotes et la dynamique des lipides dans les membranes bactériennes reste encore largement inconnue. Mon projet consiste donc à utiliser la microscopie à fluorescence en général et FCS en particulier pour mesurer les caractéristiques de diffusion des lipides contenus dans les membranes bactériennes.

Publications:

1. Saha, D.; Schmidt, U.; Zhang, Q.; Barbotin, A.; Hu, Q.; Ji, N.; Booth, M. J.; Weigert, M.; Myers, E. W. Practical Sensorless Aberration Estimation for 3D Microscopy with Deep Learning. Opt. Express 2020, 28 (20), 29044. h

2. Barbotin, A.; Urbančič, I.; Galiani, S.; Eggeling, C.; Booth, M. Background Reduction in STED-FCS Using a Bivortex Phase Mask. ACS Photonics 2020, 7 (7), 1742–1753.

3. Tröger, J., Hoischen, C.; Perner, B.; Monajembashi, S.; Barbotin, A.; Löschberger, A.; Eggeling, C.; Kessels, M. M.; Qualmann, B.; Hemmerich, P. Comparison of Multiscale Imaging Methods for Brain Research. Cells, 2020, 25.

4. Antonello, J., Barbotin, A., Chong, E. Z., Rittscher, J. and Booth, M. J. Multi-scale sensorless adaptive optics: application to stimulated emission depletion microscopy. Optics Express 28, 16749 (2020).

5. Barbotin, A.; Urbančič, I.; Galiani, S.; Eggeling, C.; Booth, M.; Sezgin, E. Z-STED Imaging and Spectroscopy to Investigate Nanoscale Membrane Structure and Dynamics. Biophysical Journal 2020, 118 (10), 2448–2457.

6. Barbotin, A., Galiani, S., Urbancic, I., Eggeling, C., and Booth, M. J. (2019). Adaptive optics allows STED-FCS measurements in the cytoplasm of living cells. Optics express, 27(16), 23378-23395

Curriculum Vitae:

2020-2021 (6 mois): Postdoc en analyse d’images dans le groupe de Marco Fritzsche. (University of Oxford, UK). Développement d’un protocole d’analyse d’images pour mesurer l’activation de cellules T.

2016-2020: PhD, co-supervisé par Martin Booth et Christian Eggeling (University of Oxford, UK). Thèse intitulée: “Wavefront shaping for stimulated emission depletion microscopy.”

2015-2016: Diplôme d’ingénieur en optique computationnelle (Institut d’Optique d’Aquitaine, Bordeaux, France)

2012-2015: Diplôme d’ingénieur à l’École polytechnique (Palaiseau, France).