Matthieu Jules est Professeur à l’AgroParisTech et est co-responsable de l'équipe et responsable du groupe SyBER. Ses recherches portent d’une part sur le métabolisme central carboné et ses régulations et d’autre part sur le fonctionnement intégré des processus cellulaires majeurs (transcription et traduction) en mettant l'accent sur des approches systémiques et de la modélisation mathématique (voir son site web).

Dr. Jules a obtenu son doctorat en 2004 dans le "Laboratoire d’Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés" à l'Institut National des Sciences Appliquées (INSA, Toulouse), sous la direction du Professeur Jean-Marie François. En 2004, il a accepté un poste d'un an d’Attaché Temporaire à l’Enseignement et à la Recherche (ATER) sous la direction du Dr Jean-Luc Parrou. Il a ensuite effectué un post-doctorat de 30 mois à l'Institut Pasteur sous la direction du Dr. Carmen Buchrieser. En 2007, il a pris le poste de Chargé de Recherche à l’INRA (CR2: 2007-2011 CR1: 2011-présent) dans le laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaire (AgroParisTech, Grignon) intégré en 2010 dans l’Institut Micalis (UMR1319 - AgroParisTech). En 2013, il a accepté un poste de Professeur consultant à l’AgroParisTech (département des Sciences de la Vie et de la Santé).

Dr. Jules a travaillé sur la physiologie moléculaire et le métabolisme carboné des eucaryotes inférieurs, plus particulièrement sur le métabolisme des sucres de réserve. Il a ensuite développé ses compétences en étudiant les régulations croisées de la virulence et du métabolisme des bactéries pathogènes. L’ensemble de ses compétences l’ont par la suite amené à s’intéresser à plusieurs questions fondamentales liées au fonctionnement global d'une cellule bactérienne (réseau métabolique, adaptation bactérienne à l’environnement, régulations transcriptionnelles et post-transcriptionnelles, traduction, etc.).

Dr Jules a publié un total de 28 articles depuis 2004 (h-index 16).

Sélection de 6 publications récentes (la liste complète est accessible ci-dessous):

* Equal contributors, ^$ Corresponding authors

1. Guiziou S., Sauveplane V., Chang H.J., Clerté C., Declerck N., Jules M., Bonnet J. 2016. A part toolbox to tune genetic expression in Bacillus subtilis. Nucleic Acids Res.[Epub ahead of print]
2. Borkowski O., Goelzer A., Schaffer M., Calabre M., Mäder U., Aymerich S., Jules M.^$ and Fromion V. ^$. 2016. Translation elicits a growth-rate-dependent, genome-wide, differential protein production in Bacillus subtilis. Mol Syst Biol; 12:870.
3. Chubukov V., Uhr M., Le Chat L., Kleijn RJ., Jules M., Link H., Aymerich S., Stelling J. and Sauer U. 2013. Transcriptional regulation is insufficient to explain substrate-induced flux changes in Bacillus subtilis. Mol Syst Biol; 9:709.
4. Buescher J.M.*, Liebermeister W.*, Jules M.*, Uhr M.*, Muntel J.*, Botella E., Hessling B., Kleijn R.J., Le Chat L., Lecointe F., Mäder U., Nicolas P., Piersma S., Ruegheimer F., Becher D., Bessieres P., Bidnenko E., Denham E.L., Dervyn E., Devine K.M., Doherty G., Felicori L., Fogg M., Goelzer A., Hansen A., Harwood C.R., Hecker M., Hubner S., Hultschig C., Jarmer H., Klipp E., Leduc A., Lewis P., Molina F., Noirot P., Peres S., Piegeonneau N., Pohl S., Rasmussen S., Rinn B., Schaffer M., Schnidder J., Schwikowski B., van Dijl J.M., Veiga P., Walsh S., Wilkinson A.J., Stelling J., Aymerich S. and Sauer U. 2012. Global network reorganization during dynamic adaptations of Bacillus subtilis metabolism. Science;335(6072):1099-103.
5. Nicolas P., Mäder U., Dervyn E., Rochat T., Leduc A., Pigeonneau N., Bidnenko E., Marchadier E., Hoebeke M., Aymerich S., Becher D., Bisicchia P., Botella E., Delumeau O., Doherty G., Denham E.L., Devine K.M., Fogg M., Fromion V., Goelzer A., Hansen A., Härtig E., Harwood C.R., Homuth G., Jarmer H., Jules M., Klipp E., Le Chat L., Lecointe F., Lewis P., Liebermeister W., March A., Mars R.A.T., Nannapaneni P., Noone D., Pohl S., Rinn B., Rügheimer F., Sappa P.K., Samson F., Schaffer M., Schwikowski B., Steil L., Stülke J., Wiegert T., Wilkinson A.J., van Dijl J.M., Hecker M., Völker U., Bessières P. and Noirot P. 2012. Condition-dependent transcriptome reveals high-level regulatory architecture in Bacillus subtilis.Science;335(6072):1103-6.
6. Ferguson M.L., Le Coq D., Jules M., Aymerich S., Radulescu o., Declerck N. and Royer C.A. 2011. Reconciling molecular regulatory mechanisms with noise patterns of bacterial metabolic promoters in induced and repressed states. Proc Natl Acad Sci USA; 109(1):155-60.