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Micalis

Dynamique des Génomes de Bactériophages

Phages

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PROJETS DE RECHERCHE

L’équipe Phage, créée en 2010, compte une dizaine de membres parmi lesquels figurent six permanents (deux techniciens, un ingénieur de recherche, deux chargés de recherche et une directrice de recherche). Nous y étudions l’évolution des génomes des bactériophages (phages) en combinant des approches moléculaires, écologiques et bio-informatiques.

Trois chercheurs conduisent des projets complémentaires et interconnectés au sein de l’équipe :

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François Lecointe mène des recherches sur les mécanismes phagiques de recombinaison qui interviennent dans la réparation des cassures double brin de l'ADN. Ces dernières constituent une source de toxicité mais également d'évolution. Il se concentre principalement sur les mécanismes de jonction d'extrémités non homologues et sur le couplage entre recombinaison bactérienne et recombinaison phagique.

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Marianne De Paeppe étudie l’impact des phages tempérés sur l’écologie bactérienne, principalement par la caractérisation des dynamiques phages/bactéries au sein d’environnements simplifiés se rapprochant du microbiote intestinal et comprenant Escherichia coli, Faecalibacterium prausnitzii et Roseburia intestinalis. Elle cherche ainsi à mieux comprendre les pressions évolutives et les mécanismes qui régissent l’évolution des phages tempérés dans l’écosystème intestinal.

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Marie-Agnès Petit se consacre à des projets de culturomique en partant de viromes associés à de nombreux genres bactériens cibles comme Escherichia, Roseburia, Bifidobacterium ou Enterococcus. Elle développe également des outils pour annoter ces viromes et effectuer de la génomique comparative. Elle cherche notamment à améliorer les outils bio-informatiques existant et les conformer à l’étude des phages.

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THEMATIQUES EN SCHEMA

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APPERÇU DE L'EQUIPE EN 2017

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NOUS CONTACTER

courrier

Équipe Phage, Bâtiment 442, INRA, Domaine de Vilvert, 78350 Jouy en Josas

telephone

01 34 65 20 77 (MAP) ou 01 34 65 20 81 (FL et MDP)

mail

marie-agnes.petit, francois.lecointe, or marianne.depaepe suivi par @inra.fr

FINANCEMENTS

  • JPI Earlyvir (2015-2018)
  • Fondation pour la Recherche Médicale, 4ème année de thèse J. Cornuault (2017-2018)
  • ANR ASTRID ResisPhage (2014-2016)
  • Fondation François Aupetit (2015-2016)
  • ANR BLANC Dynamophage (2011-2014)
  • Fondation pour la Recherche Médicale (2010-2012)
  • DIM Malinf (équipement, 2012)

Voir aussi

  • Le site internet Phagonaute, dédié à l'annotation de phages par l'établissement d'homologies lointaines sur des portions des génomes.
  • Le site internet VIRFAM de notre collaborateur Raphaël Guerois, consacré à la classification des phages en fonction des gènes des connecteurs et à la prédiction de recombinases phagiques.
  • Le site internet MUMI pour effectuer des calculs de distance Mumi entre deux génomes appartenant à une même espèce ou deux espèces très proches.
  • Le site internet pour la base de données MOSAIC, permettant des analyses et des alignements de génomes entiers intra espèce.