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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Micalis

Dynamique des génomes de bactériophages

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PROJETS DE RECHERCHE

L'équipe Phages a fêté ses 10 ans en 2020, elle rassemble une dizaine de membres, dont 6 statutaires. Nous étudions la dynamique des génomes de phages, par une combinaison d'approches moléculaires, écologiques et bio-informatiques.

 

Trois chercheurs seniors animent les trois pôles de l'équipe:

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François Lecointe est un spécialiste du NHEJ bactérien. Il s'intéresse aux mécanismes de recombinaison originaux codés par les bactériophages. Il dirige actuellement deux projets portant sur les SSAP (single strand annealing protein) Sak4 du coliphage HK620 et RecT du coliphage Gally.

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Marianne De Paepe cherche à caractériser les pressions évolutives exercées sur les phages tempérés intestinaux. Elle dirige un projet autour de l'impact des phages tempérés sur la dynamique du microbiote intestinal, en utilisant des souris sans germes inoculées avec des écosystèmes simplifiés, composés d'Escherichia coli, Faecalibacterium prausnitzii, et Roseburia intestinalis.

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Marie-Agnès Petit étudie les populations virales d'écosystèmes digestifs ou alimentaires, et leur impact sur la fraction bactérienne de l'écosystème.  Elle développe aussi en collaboration des outils pour la comparaison des génomes de phages et leur annotation.

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SKETCH DES THEMATIQUES
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L'EQUIPE PHAGE

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FINANCEMENTS

· ANR Persist3R (2019-2021)

. JPI Earlyvir (2017-2018)

Voir aussi

  • Membre du réseau phage.fr
    LOGO_Phages_fr
  • Visitez notre site Phagonaute, dédié à l'annotation des génomes de phages par homologie lointaine
  • Choisissez VIRFAM ,onglet recombinases, le site de notre collègue Raphaël Guerois pour détecter les recombinases de phages.
  • Mais on peut aussi avec VIRFAM, onglet connectors, classer un phage en fonction des protéines du connecteur.
  • Plus ancien, le site MUMI permet de calculer une distance génomique pour deux génomes bactériens de même espèce, ou d'espèces très proches..