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Après plusieurs stages en microbiologie à l'Institut Pasteur (Patrick Grimont, Philippe Glaser, Sylvain Brisse), Julien Tap a rejoint le laboratoire de Joël Doré pour y effectuer un doctorat dirigé par Marion Leclerc (janvier 2007 à décembre 2009). Son projet principal était d'étudier l'impact des fibres alimentaires sur le microbiote intestinal humain en utilisant notamment des approches métagénomiques et métatranscriptomiques.

Depuis son doctorat, ses projets de recherche se sont focalisés sur les interactions entre la nutrition, le microbiote intestinal et la santé humaine. Cela lui a permis de travailler avec différents cliniciens de l'AP-HP comme le Pr Karine Clément et le Pr Iradj Sobhani. En tant que post-doctorant à l'EMBL dans le groupe de Peer Bork et à l'unité Metagenopolis de l'INRAE (Joël Doré, Dusko Ehrlich), ainsi que chez Danone Nutricia Research, il a utilisé plusieurs approches, comme l'écologie numérique et les techniques d'apprentissage automatique, pour démêler les larges données « omiques » en relation avec les données cliniques et nutritionnelles.

Julien est actuellement chercheur à l'institut INRAE Micalis dans l'équipe [Food Microbial Ecology Team] (https://fme.micalis.fr/team/julien-tap/) installée sur le centre de Jouy-en-Josas, où il travaille sur des projets liés aux interactions des microbiomes alimentaires et humains dans une perspective de nutrition et de santé.