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Intégration de données métagénomiques par un modèle dynamique de la digestion anaérobie des hydrates de carbone dans le côlon humain : approches de réduction de données et de modèles.
Ce projet de modélisation s’inscrit dans la suite de travaux de construction d'un modèle de microbiote intestinal de l’adulte sain, intégrant les voies métaboliques de dégradation des fibres. Un premier objectif est d’améliorer le modèle préexistant en intégrant des connaissances issues d’analyses de données métagénomiques dans la structuration de l’écosystème intestinal en populations fonctionnelles. Le fonctionnement de cette chaîne trophique, prépondérante dans le côlon humain mais réalisée par des microorganismes que nous ne savons cultiver, pourra alors être appréhendé. Une des perspectives est de comparer les données issues d’individus sains à des individus d’ethnicités différentes et à des patients souffrant de pathologies digestives ou d’obésité (Projets MetaHIT et HMP). Ce travail fait suite au projet METAFUN, et vise à développer des approches méthodologiques transposables à d’autres fonctions et d’autres écosystèmes. Le microbiote intestinal humain se distribue dans des niches écologiques distinctes, la plupart délicates à échantillonner. Un deuxième objectif est donc d’utiliser le modèle pour évaluer quelle connaissance l’observation de données relatives à un compartiment particulier de l’écosystème apporte sur des compartiments non observés. La démarche proposée s’appuie sur des outils méthodologiques de réduction de modèles développés en théorie du contrôle