Olivier Borkowski a obtenu son doctorat en 2013, portant sur la relation entre le taux de croissance et la production de protéines chez les bactéries, à travers une approche de biologie des systèmes, sous la direction du Dr S. Aymerich et du Dr V. Fromion. Il a ensuite construit, dans des laboratoires internationaux, un ensemble de compétences à l’interface de la biologie synthétique, des systèmes acellulaires et de l’apprentissage automatique : couplage entre physiologie cellulaire et production de protéines à l’aide de portes logiques moléculaires (Université de Stanford, États-Unis, avec le Pr D. Endy), développement de méthodes de production de protéines en systèmes acellulaire (Imperial College London, Royaume-Uni, avec le Pr T. Ellis), combinaison de systèmes acellulaires et d’apprentissage automatique pour maximiser la production de protéines (Genopole, Évry, France, avec le Pr J.-L. Faulon), et développement d’outils d’automatisation pour la conception de circuits synthétiques (Institut Pasteur, France, avec le Dr G. Batt). De sa thèse à ses recherches actuelles, les travaux d’Olivier Borkowski se sont concentrés sur l’interaction entre production de protéines et croissance cellulaire, régie par l’optimisation de l’allocation des ressources.
En 2021, il a été nommé chercheur INRAE à Micalis, où il applique désormais l’ensemble de ses compétences à l’ingénierie de systèmes acellulaires pour approfondir la compréhension de la physiologie bactérienne, des organismes modèles aux espèces non modèles du microbiote intestinal humain.
