Le tractus gastro-intestinal est un réservoir d’agents pathogènes opportunistes où des pathobiontes profitent d’une dysbiose pour proliférer chez les patients fragilisés. Les entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) proviennent du tractus gastrointestinal, où leur prolifération précède la dissémination dans la circulation sanguine et peut conduire à une infection systémique. La compréhension des mécanismes responsables de la résistance à la colonisation intestinale par les ERV est essentielle pour le contrôle des infections. Peu d’études ont identifié les bactéries commensales qui renforcent la résistance à la colonisation du microbiote par les ERV.
Nous avons cherché à identifier les bactéries commensales qui jouent un rôle clé dans l’effet barrière afin d’accélérer la restauration du microbiote intestinal après dysbiose antibiotique et de renforcer la résistance à la colonisation contre les ERV. Nous avons étudié l’évolution du microbiote et des niveaux d’ERV pendant la restauration du microbiote chez des souris colonisées par des ERV après dysbiose induite par un antibiotique. En combinant les données et la modélisation mathématique, 15 espèces moléculaires (OTUs) à corrélation négative avec le portage d’ERV, c’est-à-dire potentiellement associées à un effet barrière, ont été identifiées. Sept souches représentatives de ces OTU ont été utilisées en mélange (Mix7) dans deux lignées de souris différentes colonisées avec l’ERV. Le Mix7 réduit le portage d’ERV et favorise une meilleure récupération du microbiote intestinal chez les souris dites répondeuses. Les différences de réponse des souris ont été associées à la variation du microbiote initial, fournissant des biomarqueurs potentiels pour prédire la réponse au Mix7. De plus, nous avons démontré que la souche du phylum Bacteroidota est nécessaire pour l’effet du Mix7 in vivo en présence d’au moins une des 6 souches. Dans un modèle murin de dysbiose persistante, l’effet du Mix7 est associé à des concentrations plus élevées d’acides gras à chaîne courte (acétate, propionate, butyrate) et de 26 métabolites, y compris les acides biliaires. Aucun des surnageants des 7 souches, seul ou en combinaison, n’inhibe la croissance de l’ERV in vitro. Il est intéressant de noter que 5 des 7 souches sont partagées entre l’homme et la souris et que 2 ont des équivalents fonctionnels.
Nous avons montré que la supplémentation avec un mélange de souches identifiées par modélisation mathématique améliore l’effet barrière contre les ERV par des mécanismes dépendants de la récupération et de la composition initiale du microbiote. A terme, ce travail permettra d’aller vers une médecine personnalisée en ciblant les patients à risque et susceptibles de répondre à la supplémentation avec des souches commensales anti-ERV, en fournissant de nouveaux produits biothérapeutiques vivants (LBP) et des biomarqueurs pour prédire la réponse au traitement.
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Article: https://doi.org/10.1186/s40168-025-02127-5
Press release: https://www.inrae.fr/actualites/bacteries-renforcer-microbiote-contre-pathogenes
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